Environ deux ans et demi se sont écoulés depuis le combat féroce dans la Vallée de la Fin. Naruto retourne au village après avoir terminé sa formation avec Jiraya. Il y retrouve Sakura, devenue un ninja médical aguerri, et Kakashi, toujours fidèle à lui-même. Ses autres anciens camarades ont eux aussi tous grandi. Pourtant, la joie des retrouvailles sera de courte durée. On apprend avec stupeur que l’effroyable organisation Akatsuki a surgi de l’ombre pour attaquer Gaara, devenu Kazekage !