Shinichi Kudo est un lycéen qui adore les énigmes. Son sens de la déduction lui a permis d’aider la police à résoudre un grand nombre d’affaires difficiles. Mais après avoir été témoin d’une affaire suspicieuse, il est transformé en enfant par une organisation malveillante qui tente de le faire taire. Shinichi change alors d'identité et devient Conan Edogawa, afin de découvrir la véritable identité de cette organisation et se retransformer en adulte.