Shinichi Kudo est un lycéen qui adore les énigmes. Son sens de la déduction lui a permis d’aider la police à résoudre un grand nombre d’affaires difficiles. Mais après avoir été témoin d’une affaire suspicieuse, une organisation malveillante le transforme en enfant pour tenter de le faire taire. Shinichi change alors d'identité pour devenir Conan Edogawa, afin de découvrir qui se cache derrière cette organisation et pour se retransformer en adulte.